さくらインターネットでトップページが/indexで表示されない

一度解決されている問題のようなので、バグなのか分からないのですが、
さくらインターネットに設置した baserCMS 2.1.2 と baserCMS 3.0.1 で
/index付きのアドレスにアクセスすると404 Not Foundになってしまいます。

以前解決されたチケット(参照ページ)
http://project.e-catchup.jp/issues/1025

lib/Baser/basics.php
を開いてみたのですが、さっぱりだったのでもし同じ現象で解決された方がいらっしゃったらご教授くださいませ。

サイトマップを関数で表示しているため、トップページが/index付きでリンク生成されるので困っています。
よろしくお願いいたします。


■ BaserCMSのバージョン：baserCMS 2.1.2 と baserCMS 3.0.1
■ レンタルサーバー名：さくらインターネット
■ スマートURLの利用：　ON
■ 設置フォルダ：　ドキュメントルート
■ 利用しているデータベース：　MySQL
■ PHPスキル（自己評価）：D