動的出力のcanonicalタグについて

https://hoge.jp/fuga/
にインストール、運用しているサイトがあります。

これを、URLリライトして、
https://hoge.jp/
から見れるようにしているため、canonicalにはこちらを記載したいと思っています。

ですが、
BcBaser->scripts() ?>
このタグからは
https://hoge.jp/fuga/
こちらのcanonicalが出力されてしまいます。

この動的に出力されるcanonicalのhrefを制御するか、またはcanonicalを
出力しないようにする方法はありますでしょうか。
（出力しないようにできれば、独自のエレメントで出力は可能です）

よろしくお願いします。