Re: 今回のSQL インジェクションの脆弱性 で4.0.1 から 4.0.6 にアップデートしたら管理画面にて Not Foundが出てきました。

管理画面にある
システム管理 → ユーティリティ の画面に行って、
「アセットファイル再配置」ボタンを押してみてください。

それと、ブラウザのキャッシュ（閲覧履歴）を一度削除してみてください。


teruteruさんと同じ手順を踏んでみたところ、
上述の方法で解決しました。お試しください。