Re: 1つのサーバーに複数サイトをインストールしたら不具合多発

1. baserCMSが設置されているディレクトリは下記のようになっていますか？

/virtual/◇◇◇/public_html/
             サイトA.com(baserCMS4.0.6)/
                htaccess
                index.php
                ...
             サイトB.com(baserCMS4.0.6)/
                htaccess
                index.php
                ...
             サイトC.com(baserCMS3.0.12)/
                htaccess
                index.php
                ...

※public_html/　の直下にはhtaccessなどファイルは無いでしょうか？

2. アクセスするURLは下記のようになりますでしょうか？
http://サイトA.com/サイトA.com/
http://サイトB.com/サイトB.com/
http://サイトC.com/サイトC.com/
※ウェブサーバのヴァーチャルホストやドキュメントルートの設定がわかれば。。

念の為PHPやMySQLのバージョンを記載してもらえると回答が付きやすくなるかもしれません。