Re: トップページ配下にフォルダを作成すると、謎のスラッグ(URL)が付いてしまいます

if($currentParentId != $targetParentId)が否になっており、
$this->getOrderSameParentによって取得するのみとなっています。

このとき、
$currentSort = 8
$targetSort = 3
となっています。

Contents::moveOffsetで、この例だと、Treeビヘイビアのmoveupを呼び出すことは確認でき、その結果（$result）がfalseになっているので、やはりデータベース上のツリー情報が壊れているのかなぁという気がします。

最初に挙げている「estimate_12」についても、その後ゴミ箱の中にあることは確認できたのですが、さすがに手動で12回も作成と削除を繰り返していれば記憶にあると思うのですが、せいぜい記憶にあるのは数回ですし、他のフォルダも均等に10個以上あったので、何かのタイミングで機械的に作られたような印象があります。
ただし、その個数については12個があったり、28個があったり、均一ではないのですが。
手動操作以外で作成されたり、複製されたり（その上でdeleteフラグが立つ）ということがあり得ないということであれば、無意識のうちに最大28回も作ったり消したりした…ということになるのでしょうが。

ツリーのリセットはやぶさかではないのですが、既に短期間（数日）で２回やっており、３回目が発生しない確信がもてないので、ツリー修正の手間を考えると、気後れします。
とはいえ、仕方がないですかねぇ。。。

サブサイトを削除することで一時的に解消したのも解せず。
サブサイトがそんなリスキーなものではないと思いますし。