アップデートをしてみました。
baserCMSバージョン 4.2.0→4.3.3

FFFTPが途中で閉じてしまい、上手く上書きできず・・・
元のフォルダ名を変更して、アップロードするも同じ現象で、
少しずつアップロードしてなんとか完了。
アップデートまで正常終了しました。が、

コンテンツ一覧ツリーになにもコンテンツが表示されない。

↑この方と全く同じ症状に陥ってしまいました。

コンテンツ一覧に何も無いという・・・
かなり苦戦しながら、アップデートしたのに、どうしたものかという状態です。

しばらくいじってみて勝手に治らないなら、もう一度再インストールしてみようかと思います。