サブディレクトリをルートディレクトリに変更したい。

いつも大変お世話になっております。
藤木と申します。

サブディレクトリにインストールしたbaserCMSをルートディレクトリとして表示させたいと思い、
過去の記事など拝見しましたが、なかなか同じようなものを見つけきれず、ご質問させていただきました。

ドメインは、
http://www.axel-ion.jp/
です。

このドメインのサブディレクトリ「/cms/」というフォルダにbaserCMSをインストールし構築しました。
今回の要望はhtaccessの設定が関係してくるかと思い、見様見真似の分かる範囲でいろいろと設定してみました。
そのhtaccessの設定は以下の通りです。

◆http://www.axel-ion.jp/.htaccess

RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteRule ^$ cms/ [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.+)$ cms/$1 [L]


◆http://www.axel-ion.jp/cms/.htaccess
※baserCMS内

RewriteEngine on
RewriteRule ^$ app/webroot/ [L]
RewriteRule (.*) app/webroot/$1 [L]

RewriteEngine on
RewriteBase /


◆http://www.axel-ion.jp/cms/app/webroot/.htaccess
※baserCMS内

Allow from all
RewriteEngine on
RewriteBase /app/webroot
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]


この設定で
http://www.axel-ion.jp/
にアクセスしたら

http://www.axel-ion.jp/cms/

の中身が表示されるようにはできましたが、

http://www.axel-ion.jp/cms/

でアクセスしても同じように表示されてしまいます。
リンク設定や画像のパスの中にも「cms/」が含まれたままです。

冒頭では、
「サブディレクトリにインストールしたbaserCMSをルートディレクトリとして表示させたい」と記載しましたが、
ただしくは「サブディレクトリにインストールしたbaserCMSをルートディレクトリにしたい」が
正しい言い方なのかもしれません。

今回の場合は、baserCMSとサーバー（お名前.com）の設定も関係してくることなのかもしれませんので、
このような質問も行ってよいものかどうか迷いましたが、いくら自力で調べても分からず
限界に達してしまったので、ご質問させていただきました。

説明がうまくないので、分かりづらい部分もあるかと思いますが、
どうか、お知恵を貸していただけますでしょうか。
よろしくお願いいたします。


■ BaserCMSのバージョン：3.0.9
■ サーバー：お名前.com　共用サーバーSD
■ スマートURLの利用：不明
■ 設置フォルダ：http://www.axel-ion.jp/cms/
■ 利用しているデータベース：mysql
■ PHPスキル：初心者

質問内容が分かりづらかったので、簡単にまとめて
別のカテゴリーのスレッドに書き直しました。
このスレッドを削除しようとしましたが、削除の仕方が分からないので、
こちらのスレッドでは解決済みとしました。
すみません。