サブドメイン（サブフォルダ）が500エラー

お世話になります。
BaserCMSのバージョン：3.0.2
■ レンタルサーバー名：sakura
■ スマートURLの利用：　[ON]
■ 設置フォルダ：　[ドキュメントルート]
■ 利用しているデータベース：　[SQLite]
■ PHPスキル（自己評価）：　[E]

NSFサーバーが終了とのことで移設しました。

サーバー内は
baserCMSをドキュメントルートに設置し
サブドメイン（サブフォルダ）は別のサイト（html構成）です。

サブドメインにアクセスすると500エラー。
サブフォルダにアクセスするとドキュメントルート内に設定したbaserページ
画面で「NOT FOUND」
The requested address '/○○/index?url=○○%2F' was not found on this server.

/.htaccess
/app/webroot/.htaccess
を削除するとサブドメインサイトは表示されますが、肝心のドキュメントルートの
baser表示はＣＳＳが認識されない表示でリンクが404エラーです。

よろしくお願いします。