インストール後のフォルダ変更は？

超初心者ですが会社のホームページをBaserCMSを使ってリニューアルしようと思い現行のサーバーにサブフォルダを作りサーバーで提供していたBaserCMSを簡単インストールしました。その後ページを作りがほぼ完成したので現行のページと入れ替えるようと考えましたが方法がわかりません。
単純にサブフォルダの内容をそのままルートに移動すれば良いのか特定のフォルダだけをルートに移動させて何らかの設定をするのかご教示頂ければたすかります。
関係あるかわかりませんが会社のホームページは独自ドメインを使用していてBaserCMSをインストールしたのはサーバーのドメインのサブフォルダです。
■ BaserCMSのバージョン：3.0.8
■ レンタルサーバー名：lolipop.jp
■ スマートURLの利用：？
■ 設置フォルダ：サブフォルダ
■ 利用しているデータベース：MySQL
■ PHPスキル（自己評価）：全くわからない
■ OSの種類：わからない
■ PHPのバージョン：5.2
■ データベース種類・バージョン：MySQL 5.6