アップローダープラグインで画像ファイルの説明文を編集するとそのファイルのURLが変わってしまう

いつもお世話になっております。

「Home > プラグイン管理 > アップロードファイル管理 > アップロードファイル一覧」にて、
画像ファイルをアップロード後にそのファイルを右クリックして、ショートカットメニューより「編集」を選んで「説明文」を編集して保存を行うと、ファイルのURLが変わってしまいます。

編集前：http://（ドメイン名）/app/webroot/files/uploads/（ファイル名）
編集後：http://（ドメイン名）/index.php/files/uploads/（ファイル名）

3.0.9までは問題が無かったことを確認しております。

■ BaserCMS：3.0.9→3.0.12
■ スマートURL：OFF
■ PHP：5.4.45
■ 利用データベース：MySQL 5.6.26