urlの正規化をしたいのですがスマートURLのせいかのかうまく動作しません

現在
wwwあり
www無し
index.phpあり
index.php無し

の状態で、urlを正規化しないとグーグルに正しく評価してもらえないということを
初めてしりました。

なので実行しようとしましたがうまくいきません。
もしかしたら、スマートURLをONにしてるからなのかなと思いこちらで質問しました。


ロリポップのこのページを参考にしています。
www無しのurlにしようと思い


以下のタグを『.htaccess』に記載してアップロードしました。

RewriteEngine On

# www無しのURLに統一
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.hogemoge\.com
RewriteRule ^(.*) http://hogemoge.com/$1 [R=301,L]

※『hogemoge.com』の部分は、ご自分のアドレスを入力しています。


すると、
www有りのurlで検索してみるとアクセスできるものの文字崩れ
www無しのurlで検索してみると正常。

www有りでもアクセスできてしまうのでなぜ？と思いつつ
一応これでいいのかな？と思って
www無しのurl内のリンクを確認してみると
文字崩れやアクセスできないページが・・・」」
トップページは正常なのに。

色々調べましたが原因がわかりません。
もしかしたらスマートURLをONにしているせいなのかなと思ったのですが
素人判断でいろいろ触るのが怖くてできません。

そもそも、スマートURLをONにしてるのに
index.phpありでも検索出来てしまうのが腑に落ちません。
スマートURLとはindex.phpを隠すだけの機能なのでしょうか？