Re: テーマ「JeetKuneDe」のSafariで開いた時のバグについて

iOS9にバージョンアップしたiPadで再現できました。

どこの記述が不具合を起こしているのかまでは確かめていませんが、
類似のメニューを実装した他のサイトでは、safariで閲覧しても正常にみることが出来ますので、
このテーマ内にあるメニュー実装の為の記述に問題があるかもしれませんね。。。
（今回、お使いのテーマは、公開されてから１年前くらいメンテされてないんじゃないかと思います。）

それと、もしかしたら、ブラウザ側の問題もあるかも知れません。
他のブラウザでは大丈夫ですし、手持ちのiPhone6（iOS8.x）では大丈夫なので・・・。

可能であれば、メニューの部分だけを
別のjQuryプラグインなどで置き換えたほうが、間違いないかも知れません。
この辺のが人気なんじゃないかと思います。