テーマがアップロードできません

サーバーをLolipop から、さくらインターネット スタンダードプランに変えました。
3.0.9バージョンをインストールして、baserマーケットで気に入った無料のテーマを見つけ、さっそくダウンロードして[テーマ管理]→[テーマ新規追加]→[参照]→[ZIPファイルのままアップロード]をしてみましたが、しばらく経っても追加したつもりのテーマが[テーマ一覧]に反映されません。どのようにしたらテーマ一覧に反映されるのでしょうか？

baserCMS自体のインストールの過程に問題があるかもしれないので、そちらを書かせていただきます。
今回インストールしたのは、baserCMSのサイトのコアダウンロードから入手したものを、さくらインターネット スタンダードプランで契約しているサーバーのサブディレクトリーにインストールしました。テーマ、プラグインはダウンロード → インストールしていません。ちなみに従来のLolipopサーバーの場合は、サーバー管理画面から直接操作してインストールできましたが、さくらの場合は 一度システムをダウンロードしてから解凍→全部アップロードしてからのインストール作業でした。インストール直前にサーバー側でMysQLのデータベースを１個作ってからインストールをしたのですが、特にエラーらしき現象もなかったため、データベース側の設定は何も変更していません。

追記です。
検索エンジンでの結果で、現在のサーバーで稼働させるには、データベースのphp.iniにcgi.fix_pathinfo = 1と言う記述を追記するように記載してありました。記載通りに追記してみたのですが変わりません。もう一台のパソコン(Ubuntu14.04LTS+chrome)で、同じテーマを同じようにアップロードしてみたみたところ、どうやら画面上でのアップロードの進捗状況で100%までアップロードできているようなので、アップロードはできているようですが、テーマ一覧には追加されません。

よろしくお願い致します。