Re: 3.0.7、3.0.6.1で保存前確認をして保存をクリックするとエラーになって更新できない。

影響しそうなプラグインはなさそうですね。
あとは、考えられる可能性として、サーバー側の細かい設定の問題か、
appフォルダの中身に何か手を加えていることで、一部の機能がオーバーライドされてしまっているか…

引用：

とのことですが、「さくら」サーバーのプランの問題ですか？

また、Themeフォルダ以外で、どこか手を入れられたところはございますか？