SQLite環境で起きるツリー構造エラーとそれに付随する不具合について

【環境情報】
・baserCMSのバージョン:4.5.4、4.7.2、4.7.7
・レンタルサーバー名:plesk、さくらサーバー
・使用テーマ:bc_sample
・PHPスキル(自己評価):E

お世話になっております。
SQLiteを使用しているサイトで、固定ページのURLとテンプレートが設定されていないものになってしまい、正しく設定し直して保存しても直らないと言った現象が起きました。

親フォルダ名は「about」と設定しているのに、管理画面上で「/15/about」となってしまい、
コンテンツ登録していない15と言うフォルダが出てきてしまいます。

また、テンプレートも「親フォルダに従う(about)」としているのに、
設定されるはずのない「親フォルダに従う(default)」になっており、
ページが崩れてしまいます。

いくつか似たようなトピックを見ましたが、
「ツリー構造のリセット」をするようにしか解決策がなく
ページ量が多いサイトでこの現象が起こっているため
ツリー構造のリセットをせず解決したいです。

同様な現象が起きた方はいらっしゃいませんでしょうか?
また、その際はどの様に解決されましたでしょうか。

因みに、上記の現象はコンテンツ一覧の「ゴミ箱」が関係しているのではないかと言う所までは分かっている状況です。
下記操作を行うと、インストール直後のbaserCMSでも上記の問題が起きます。

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(1)コンテンツ一覧とゴミ箱それぞれに同じフォルダ(A)を作る
(2)コンテンツ一覧から別フォルダ(B)をゴミ箱に移動
(3)ゴミ箱からBを復活させる
(4)ゴミ箱削除 → ツリー構造チェック エラー消えない
(5)コンテンツ一覧でBに固定ページを作り、
作った固定ページに移動して保存 → 指定の親フォルダがAになる
(6)新しいフォルダ(C)を作成しその中に固定ページを作り、
作った固定ページに移動して保存 → 問題なし
(7)コンテンツ一覧に戻るとBが一番下に
→ フォルダを移動させようとすると並び替えのエラーが起きる
(8)A,B,Cに固定ページを作れば作るほど、新たに作った固定ページの親フォルダ指定がおかしくなる
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また、ゴミ箱で下記の状況の場合にもツリー構造チェックでエラーが出ました。
・コンテンツ一覧とゴミ箱に同一データがある場合
・ゴミ箱に2つ以上データがある場合

複数のサーバーで検証いたしましたが、全てのサーバーで上記の事象が起きました。
MySQLでは上記の現象はどれもエラーが起きることはありませんでした。

以上となります。
解決策を教えていただけますと幸いです。
どうぞ、よろしくお願いいたします。

すでにご承知かもしれませんが、以下の様にbaserCMSのGitHubにissueが上がっており、既知のバグとなっています。
4系は既にメンテナンスフェーズですので、改修されるかどうかも含めて、fixの時期は現時点では?のようです。

さて、既にツリー構造が壊れた場合の復旧に関してですが、残念ながら、SQLiteのcontentsテーブル内の不整合の起きているlftおよびrghtフィールドの値を直接editして修正するか、あるいは、管理画面上でコンテンツツリー構造のリセットボタンを押して、正しいツリー構造(リセット)にし、あらためて正しく並び替えるか、といった対応しかないと思います。

issueの内容から、現時点での予防策として、確認されているツリー構造が壊れる操作は概ね以下の様なケースのようです。

  • ゴミ箱に1つでもコンテンツが存在する状態で、新たにコンテンツ一覧でコンテンツを追加すると、(コンテンツ)ツリー構造に問題が生じます(重複番号が発生する)。
  • ゴミ箱に1つでもコンテンツが存在する状態で、新たにコンテンツ一覧でコンテンツを削除すると、(コンテンツ)ツリー構造に問題が生じます(重複番号が発生する)。
  • 複数のコンテンツをまとめて(コンテンツを含むフォルダをフォルダごとゴミ箱に入れるなど)ゴミ箱に入れると、その時点で(コンテンツ)ツリー構造に問題が生じます(重複番号が発生する)。