公式ガイドの内容を見落としておりました。失礼いたしました。
こちらでも同じように変換がうまくいかず色々試したところ、下記の方法で変換することができました。
プラグインのzipファイル名からバージョン等を削除し、ファイル名を変更してからアドオンマイグレーター（5.1.2）で変換する。
例 Sitemapxml-5.0.0.zip → Sitemapxml.zip
BurgerEditorLE.zip → BurgerEditor.zip
zipファイル名にバージョン等が含まれていると中身のファイル名や記述がおかしくなり、正常に変換できなくなるのかもしれません。
以前にもプラグインのzipファイル名にバージョン等が含まれているなどプラグイン名と異なると、新規追加できないということがあり、それと似たような不具合だと思われます。
トピック 【Basercms5】プラグインの新規追加について
