サブサイト用の404ページ等の設置方法が知りたい

いえ、レイアウトのdefault.php内にPHPの処理を追加することでも対応可能です。
現在メインサイトにアクセスされているかサブサイトにアクセスされているかを判定して、表示を切り替える感じですね。