アンインストールというのがbaserCMSファイル・データベースの削除という意味であれば、サイトデータは消えてしまいます。
まずは原因を解明して潰していくのが良いかと思います。
こちらを参考に、状況を詳しく記載していただければ解決は早まるかもしれません。;
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